以下情形评标委员会是否可以否决该投标人的投标？

投标人已经通过了资格预审，评标时评标委员会发现该投标人资格实际上不符合招标文件的要求，是否可以否决该投标人的投标？

可以！依据12号令第二十二条，投标人资格条件不符合国家有关规定和招标文件要求的，评标委员会可以否决其投标。